Le Labyrinthe du silence est inspiré de l'histoire vraie de Fritz Bauer, procureur général de Francfort et de trois procureurs travaillant pour lui, qui furent à l'origine du procès "Auschwitz" qui se déroula dans les années 1960.
L'Allemagne fut le premier pays à poursuivre ses propres criminels de guerre lors du procès Auschwitz.
Si le film se base sur le véritable procès Auschwitz et que Fritz Bauer ainsi que le journaliste Thomas Gnielka ont réellement existé, l'histoire du Labyrinthe du silence raconte le parcours imaginé du procureur Johann Radmann. Afin de créer ce personnage, le réalisateur a mélangé les vies des trois vrais procureurs qui assistèrent Fritz Bauer lors du procès.
Pour être le plus proche possible de la réalité, Elisabeth Bartel et Giulio Ricciarelli ont été assistés dans l'écriture du scénario par l'historien spécialisé Werner Renz.
Alexander Fehling a pu perfectionner son jeu grâce aux conseils d'un des procureurs de l'époque, Gerhard Wiese. L'ancien procureur était présent durant tout le tournage afin de permettre à toute l'équipe de rester le plus proche possible de la réalité.
De nombreuses citations exactes du procureur Fritz Bauer ont été reprises dans Le Labyrinthe du silence. Les témoignages de "spectateurs" du procès ont également permis au réalisateur de retracer au mieux l'histoire.