Petit Jésus est le premier long-métrage de Julien Rigoulot, qui vient de la pub et du clip. Après plus d'une décennie à réaliser des vidéos dans ce milieu, sa vie bascule. "Bref tout marchait très fort, mais à la quarantaine, tout s’est effondré... Un vrai gag ! Du jour au lendemain, j’ai perdu tout ce que j’avais bâti en une vitesse record et me suis retrouvé à poil... Enfin presque, car il me restait l’essentiel : mon petit garçon et pas mal de liberté", explique-t-il. Quitte à repartir de zéro, il décide de se tourner vers l’écriture d’un scénario avec l’idée d’en faire un film. Après avoir rencontré de nombreux producteurs, il croise la route de Laetitia Galitzine, à qui il présente Petit Jésus : "Je voulais faire un film sur l’espoir que j’avais de m’en sortir, sur les signes que l’on guette lorsque tout va mal et sur cette idée fondatrice que, parfois, cette espérance peut s’incarner dans le regard d’un enfant."
"[...] l’idée de Jésus m’a toujours été familière. Je ne suis pas baptisé mais j’ai toujours été attiré par l’invisible et l’iconographie chrétienne...", explique le réalisateur. Avec Petit Jésus, il a voulu transformer ses différents échecs en une histoire positive, "qui tournerait autour d’un enfant qui accompli un miracle, sans qu’on sache s’il est ou pas un prophète, le messie... J’essayais sans doute de conjurer le sort pour qu’il arrive aussi un miracle dans ma vie, mais quand je vois le monde qui nous entoure aujourd’hui, je me dis que sortir ce film-là, en ce moment, ça tombe plutôt bien !"
À l'origine, Julien Rigoulot voulait tourner en Camargue et dans les Alpilles. Mais en faisant les demandes de subventions aux régions, il s'est intéressé à l’Occitanie et a découvert les Orgues d’Ille-sur-Tet, un site géologique des Pyrénées-Orientales où commence le film d’ailleurs. En se rendant sur place pour visiter, il est tombé sous le charme d'autres sites, comme le Mont Canigou, les Corbières... "Mon cousin, qui vit sur place, m’a emmené dans d’autres endroits comme les Salins et c’est lui qui m’a rappelé qu’étant enfants, nous y avions fait une partie de pêche mémorable avec mon père... Une pêche miraculeuse. Je l’avais oublié et c’est encore un des miracles de ce film : je me suis revu sur place à l’âge de Loulou dans le film..."
La directrice de casting Dorothée Auboiron a trouvé presque immédiatement Esteban Azuara Eymard, qui interprète Loulou, alias le Petit Jésus. La réalisateur détaille : "Bien que son expérience ait été modeste (il n’avait tourné qu’une pub), ce marmot illuminait l’écran, même lors des tous premiers essais. Il comprenait tout, proposait des choses et était déjà incroyable de spontanéité. J’ai été aidé durant le tournage par un coach enfant, Patrick Chamare, qui a fait un formidable travail de préparation mais aussi par Antoine Bertrand dont l’expérience de plateau, (c’est une méga star au Québec), a été d’une aide précieuse... "
Julien Rigoulot et son équipe ont cherché un acteur français pour le rôle de Jean, en vain. La productrice Laetitia Galitzine avait collaboré avec Antoine Bertrand sur Demain tout commence d’Hugo Gélin. Elle a suggéré son nom au réalisateur, qui se souvient : "c’est elle qui m’a parlé de lui en me disant « ça va te paraitre étrange » ! Moi je voyais un mec du sud, un peu gitan et surtout pas un accent québécois... Et puis finalement, quand j’ai rencontré le bonhomme, j’ai été séduit en une demi-seconde. Antoine est non seulement un soleil pour tous ceux qui ont la chance de le croiser, mais c’est aussi un comédien d’exception."